Cùng với sự thành lập Trường Cao đẳng Y tế Bắc Ninh năm 1999, Đoàn thanh niên nhà trường cũng được thành lập. Đoàn trường là Đoàn cơ sở trực thuộc Đoàn Khối các cơ quan và doanh nghiệp tỉnh Bắc Ninh. Bí thư đầu tiên của Đoàn trường là đồng chí Lê Quang Tường, nhiệm kì 1999 – 2002. Đến nay, Đoàn trường đã trải qua các nhiệm kì: 2002 -2006, bí thư là đồng chí Đào Duy Trường; nhiệm kì 2006 – 2009, bí thư là đồng chí Nguyễn Thị Phương Mai; nhiệm kì 2009 – 2012, bí thư là Trần Thị Thuận; nhiệm kì 2012 – 2014, bí thư là đồng chí Nguyễn Công Thùy; nhiệm kì 2014 – 2019, bí thư là đồng chí Phạm Thị Thái Thanh; nhiệm kì 2019 đến nay, bí thư là đồng chí Phạm Văn Bắc.
Hiện tại, Ban chấp hành Đoàn trường khóa XI gồm 11 đồng chí:
Đồng chí Phạm Văn Bắc, giảng viên khoa Điều dưỡng – Kỹ thuật y học.
Đồng chí Nguyễn Thị Hoàn, giảng viên khoa Dược.
Đồng chí Trịnh Nữ Phan Vinh, giảng viên, cán bộ phòng Tài chính kế toán – Hợp tác quốc tế – Quản lí sinh viên.
Đồng chí Nguyễn Thị Thu Trang, giảng viên khoa Khoa học cơ bản.
Đồng chí Nguyễn Đăng Tuấn, cán bộ phòng Tổ chức – Hành chính – Quản trị.
Đồng chí Nguyễn Việt Cường, giảng viên khoa Khoa học cơ bản.
Đồng chí Nguyễn Thảo Linh, giảng viên khoa Khoa học cơ bản.
Đồng chí Nguyễn Thị Hải Yến, cán bộ phòng Tài chính kế toán – Hợp tác quốc tế – Quản lí sinh viên.
Đồng chí Dương Trọng Phương, sinh viên lớp Điều dưỡng 4A1.
Đồng chí Nguyễn Thị Thoa, sinh viên lớp Dược 3A1.
Đồng chí Vương Văn Phong, sinh viên lớp Dược 4A1.
Ban thường vụ gồm 3 đồng chí: Đồng chí bí thư Phạm Văn Bắc, đồng chí phó bí thư Nguyễn Thị Hoàn, đồng chí ủy viên ban thường vụ Trịnh Nữ Phan Vinh.
Qua hơn 20 năm xây dựng và phát triển, Đoàn trường đã có nhiều việc làm ý nghĩa để tạo sân chơi cho thanh niên, tạo môi trường tốt cho sự phát triển nhân cách, tư tưởng, đạo đức của thanh niên.
Trong nhiệm kì này, Ban chấp hành Đoàn đã phối hợp với nhà trường tổ chức nhiều hoạt động cho sinh viên: Tọa đàm nghề dược cho sinh viên dược, các hoạt động chào mừng các ngày lễ lớn như 20/11, 26/3 với nhiều hoạt động thể thao, thi nấu ăn, kéo co… Các hoạt động đoàn đều được các sinh viên hưởng ứng và nhà trường tạo điều kiện về mọi mặt. Thông qua các hoạt động, các em sinh viên có cơ hội giao lưu, rèn luyện các kỹ năng xã hội, rèn luyện thể lực, trao đổi trong học tập để phấn đấu trở thành sinh viên 5 tốt.
Trong thời gian tới đây, đoàn trường tiếp tục sẽ có các hoạt động sôi nổi cho sinh viên. Tạo cơ hội để các em rèn luyện, nâng cao kỹ năng mềm và thể hiện bản thân. Từ đó, chúng ta chọn ra những thành viên ưu tú, là đội dự bị tin cậy của Đảng cộng sản Việt Nam.
